Allora:
il problema del "warning" lo puoi risolvere unendo tutti i livelli di ogni file (magari creandoti un'action apposita). Poi usi l'automatizza subito dopo.

Per quanto riguarda l'ordinamento dei file durante la creazione del PDF, puoi spostarli/trascinarli con il mouse (all'interno della finestrella dove ti fa il riepilogo dei file selezionati) secondo l'ordine che preferisci.