Essere un principiante ha un significato fino a un certo punto
Se hai voglia di imparare , cosa che in genere scarseggia, ti conviene SICURAMENTE usare i componenti separati, perché ti facilita nel capirne il funzionamento.
Tu dici di avere già fatto qualcosa con php, il che dovrebbe significare che ti sei già cimentata con l'installazione di un web server e di php. Quindi non vedo che difficoltà dovresti avere nell'affrontare mysql separatamente.

C'è poi da dire che se sei completamente a digiuno di database hai bisogno anche di un po' di teoria. Prima della "riforma" dell'anno scorso su questo sito c'era una guida a sql, non so se sia ancora reperibile ma sicuramente sarebbe utile per un principiante