Sia in php che in mysql devi usare il punto come separatore tra parte intera e parte decimale. Poi la virgola la puoi anche visualizzare ma a quel punto non hai piiù un valore numerico ma una stringa formattata.

Usa number_format in php
http://se.php.net/manual/it/function.number-format.php

oppure la funzione format in mysql (non ho il link a portata di mano).