ciao
allora, il problema non è nei font, quelli indicati nel primo link (msttcorefonts) li ho già installati, ed anche i pacchetti indicati nel secondo link li ho già sul sistema.
per quanto riguarda il file font.conf a scanso di equivoci ho provato a manometterlo, ma si tratta di un trick per la qualità di visualizzazione, che non influisce sul problema.

Il problema non si presenta nelle pagine html o sul browser.

Si manifesta invece con i programmi dell'ambiente grafico, ad esempio aprendo con kedit, o con kate un file di testo (anche un banale testo.txt) creato con win (ma noto lo stesso problema anche su quelli creati sulla vecchia sarge).
Sia kedit che kate che openoffice visualizzano al posto dei caratteri accentati (es : è ) un simbolino nero contenente un punto di domanda.
Se io digito invece i caratteri da tastiera vengono scritti correttamente, e correttamente memorizzati. (alla successiva apertura il file viene visualizzato correttamente).