Ho fatto questa prova:
ho reinstallato Ubuntu sul secondo HD in una sua partizione lasciando Win sul primo HD con la sua partizione.
Quando ho riavviato il pc mi ha dato la possibilità di scegliere quale OS far patire ma quando ho scelto Ubuntu è andato tutto ok, quando invece ho voluto far partire Win mi ha dato perchè non trovava i file di avvio.
L'unica soluzione è un boot manager?