Se conosci l' hwnd della finestra, puoi usare la API

ShowWindow
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms633548.aspx

Se non conosci l' hwnd, prima lo cerchi con la

FindWindow
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms633499.aspx

o la

FindWindowEx
http://msdn2.microsoft.com/en-us/library/ms633500.aspx