Il bios esegue il boot dall'unità disco impostata, utilizzando il settore di avvio del disco fisso in questione. Per avere un dual boot avresti dovuto installare il secondo s.o. in una partizione diversa o in un altro disco, ma comunque in presenza del so gia installato. Solo cosi windows puo rilevare l'altro sistema e impostare di conseguenza il dual boot.
In questo caso se vuoi formattare il disco IDE imposta il bios in modo che carichi windows dal disco Sata e una volta avviato questo formatta da li.
Cerca nel bios un opzione tipo "boot option" o qualcosa del genere.