Probabilmente dipende dal fatto che nel database hai memorizzato i numeri con il carattere "virgola", e PHP quando converte le stringhe in numeri, non lo calcola come decimale (che invece si scrive con il "punto"). Basta trasformare la virgola in punto, cosi':

codice:
$entrate = str_replace(",",".",$riga['entrate']);
$uscite = str_replace(",",".",$riga['uscite']);
$totale = $entrate - $uscite;
Ad ogni modo se devi memorizzare dei numeri decimali, ti consiglio di impostare i campi come decimali direttamente nel database... la soluzione che ti ho proposto e' di ripiego, dovresti rivedere la struttura del database e fare in modo di memorizzare i dati nel modo piu' corretto possibile...