Ci sono due strade:
1) manuale
2) automatica

La prima è la più semplice, naturalmente, selezioni istanza per istanza e, tramite il pannello di ispezione delle proprietà, attribuisci loro il "nome istanza".

La seconda è più indicata se devi attribuire il nome ad oggetti la cui presenza può essere variabile, e naturalmente devi farlo via ActionScript, ma per farlo devi avere "delle regole" in base alle quali attribuire i nomi istanza.

P.es. mettiamo che tu abbia un certo num. di movieclip sulla timeline principale, NON istanziati, e che tu voglia attribuire loro un nome-istanza "progressivo" (tipo: clip1, clip2 ecc. ecc).
codice:
prog = 0;
for (var mc in this) { 
 	if (typeof (this[mc]) == "movieclip") { 
                  this[mc]._name = "clip" + prog;
                  prog++;
	} 
}