Se alcuni file risultano in uso nonostante la chiusura dei programmi può essere perchè o sono utilizzati da qualche servizio o da qualche programma in background, sarebbe da sapere quali sono i file da eliminare per evitare che tu stia tentando di cancellare files di sistema...comunque...se vuoi tentare in mod provvisoria premi F8 all'avvio dopo la schermata di POST, oppure prova a cancellarli da start - esegui - cmd - premi invio - posizionati nella dir del file e digita del *nomefile* - invio.
In alternativa fai una ricerca sul forum, perchè se ne è parlato migliaia di volte.