Con dd ti puoi creare un file immagine di tutto l'HD e poi clonare con questo il sistema. Io lo sto usando spesso (anche la versione Windows) e non mi ha mai dato problemi.

Esempi:
dd if=/dev/hd_vecchio of=/tmp/backup.img
dd if=/tmp/backup.img of=/dev/hd_nuovo

Puoi anche agire a livello di partizioni se vuoi.