in realtà ho fatto una prova...
ho usato lo stesso procedimento per hack del mod rewrite,

ecco le modifiche che ho fatto

includes/page_header.php
prima di
$template->set_filenames(array(...ecc...
Codice PHP:
ob_start(); 
poi in
includes/page_tail.php
prima di
$db->sql_close();
ho aggiunto

Codice PHP:
$contents = ob_get_contents();
ob_end_clean();
$contents = utf8_encode($contents);
echo $contents; 
effettivamente, quel carattere particolare viene visualizzato correttamente, solo che poi ottengo caratteri strani al posto delle lettere accentate che precedentemente si vedevano correttamente (ad esempio al posto di è viene visualizzata una A maiuscola con un accento particolare..)