credo che è molto più semplice partire exnovo:
1) leggi il file con i comandi sql, usa la funzione fopen(), fread ecc, trovi nel manuale php on line alcuni esempi completi.
2) fai un ciclo per la lettura di ogni riga e letta la riga, fai una query con il contenuto appena letto.

potresti ottimizzare anche effettuando una query ogni 100 righi o usanto le transazioni, ma inizia a far funzionare qualcosa.