Si per gli url hai ragione: devi usare $_GET.

Ti spiego meglio. Immagina di avere una pagina con una lista di libri divisi in pagine di 5 libri ciascuno. Questa pagina la chiamiamo:

libri.php

tramite codice php estrarrai dal db i dati della pagina richiesta dall'utente. Ma come sapere quale richiede? Ti serve una variabile in cui memorizzare la pagina per andare a prendere i 5 libri corrispondenti.

Una possibile soluzione è quella di mettere nel link del numero di pagina una variabile in cui memorizzare questo valore.

Allora al link che punta alla pagina 1 scriverai 1

ovvero punterai alla stessa pagina in cui c'è la lista di libri con in più la variabile che interessa e il suo valore dopo un ? .

Per recuperare il valore via php semplicemente userai $_GET['pagina'] per usarlo nei tuoi script. Chiaro?

Per quanto riguarda l'include se devi salire di cartella devi mettere nel percorso ..

es.
include ("../include/prova.php");

fammi sapere se è tutto chiaro!