La modalita' di invio non dipende solo da chi manda ma anche da chi riceve.
Se il sistema dove devi inviare i file ha un server ftp attivo, allora utilizzi quel protocollo.
Spiega in quale situazione sei ... a quale sistema devi inviare i dati e perche' devi usare i comandi batch e non un qualsiasi linguaggio di programmazione ... (di quale linguaggio hai esperienza in particolare?)