Ma in remoto c'è o non c'è?
Perché se non c'è allora lui potrebbe credere che che ci sia e quindi tenti di cancellare qualcosa che non esiste e questo potrebbe provocare errore.
Se è così potrebbe essere colpa dalla cache del tuo sito oppure delle informazioni sulla sincronizzazione ma lo ritengo molto improbabile.
Che spiegazione campata per aria!!
Non so, prova a caricare quei file su un altra cartella...