Ah allora no, ho capito male. Quello le estrae tutte e le ripone in un secondo file in maniera casuale. Se nel primo ne hai 2000 nel secondo ne avrai 2000. Per fare come dici tu dovrebbe bastare cambiare la linea del while da:

codice:
while lines:
...a:

codice:
while (len(lines) != 1986 - 264):
(non testato, fallo tu)