Puoi far girare il tuo script in cron.
Esiste nei sistemi operativi Unix, da shell, il comando 'crontab' che consente di registrare i comandi/script presso il sistema affinché siano poi mandati in esecuzione periodicamente.

Da shell digiti 'crontab -e' e ti si apre l'editor di crontab
La struttura del comando e la seguente:

* * * * * comando da eseguire
- - - - -
| | | | |
| | | | ----- giorno della settimana (0 - 6) (domenica=0)
| | | ------- mese (1 - 12)
| | --------- giorno del mese (1 - 31)
| ----------- ora (0 - 23)
------------- minuti (0 - 59)


Se vuoi far eseguire il tuo script ogni giorno all'una di notte la riga viene così:

0 1 * * * /var/www/..../script.php
-
|
---------percorso dello script sul server