il codice lo scrivi a mano, cosa che consiglierei in qualsiasi ambito.

In ogni caso quando crei il database MySQL (se lo vuoi relazionale) devi usare il motore InnoDB e non MyISAM.

Poi per creare una relazione farai:
codice:
CREATE TABLE usergroup (
  idusergroup INT(10) NOT NULL auto_increment,
  read INT(1) NOT NULL DEFAULT '0',
  write INT(1) NOT NULL DEFAULT '0',
  execute INT(1) NOT NULL DEFAULT '0',
  PRIMARY KEY (idusergroup)
);

CREATE TABLE user (
  iduser INT(10) NOT NULL auto_increment,
  idusergroup INT(10) NOT NULL,
  firstname VARCHAR(64) NOT NULL,
  lastname VARCHAR(64) NOT NULL,
  PRIMARY KEY (iduser),
  FOREIGN KEY (idusergroup) REFERENCES usergroup(idusergroup)
);
Questa parte di codice:
FOREIGN KEY (idusergroup) REFERENCES usergroup(idusergroup)
indica che in user l'attributo idusergroup è una chiave esterna di usergroup

Ovviamente le relazioni tra tabelle in un database hanno molta importanza e quindi vanno usate bene...