In termini di efficienza non ho mai lavorato con matrici e vettori.
Quello che ti consiglio di fare, invece, è considerare un'allocazione dianamica dei vettori e delle matrici, ora non ricordo bene il probelam ma se non conosci a priori qunate righe ci soo in un file cioè i primi 3 numeri della riga cambiano da file a file anzichè fare delle matrici o vettori enormi allocati staticamente puoi usare delle matrici o vettori allocate dinamicamente.
Ciao