Il codice prodotto dai web server controls di asp.net 2.0 e' valido per la definizione XHTML 1.0 Transitional
Se nel codice prodotto automaticamente dal webservercontrol lo sviluppatore ci mette suoi tag non validi (es. una immagine senza il tag alt oppure br senza il segno di chiusura e via dicendo) ecco che la pagina non e' piu' valida.
Musica ben diversa era per asp.net 1.1 che invece non era facilmente validabile.
Quindi a domanda generica risposta generica. Ora pero' se vuoi puoi dire esattamente un caso concreto di una tua pagina che non risulta essere valida.