Mi è successa una cosa strana, stavo facendo delle prove con qualche query del tipo:

$query = mysql_query("SHOW TABLE STATUS FROM nome_DB");
while ($info=mysql_fetch_array($query)){
echo $info["Name"]."
";
echo $info["Data_free"]."
";
}

e con mio sommo stupore oggi la tabella con i dati in eccesso è solo una!!
Può essere che MySql abbia un sistema automatico di ottimizzazione dei dati?