Il caricamento del runtime e la compilazione JIT del codice intermedio (IL) dei metodi invocati all'avvio, col preventivo caricamento degli assembly e le relative verifiche di sicurezza effettuate "di rito" dal CLR, richiedono un tempo di startup maggiore rispetto ad applicazioni native.

E' uno dei prezzi che si paga, ma ovviamente si beneficia anche dei vantaggi nell'uso del .NET Framework descritti, che mancano in altri linguaggi (lo sviluppo in .NET offre senz'altro maggiore flessibilità e scalabilità rispetto a VB6, per fare un esempio), mentre il vantaggio si riduce notevolmente, o scompare e addirittura arretra in certi casi se comparato con altri linguaggi e tecnologie).

Se poi consideriamo che tutti i controlli in un'applicazione Windows Forms hanno un handle, anche quando non è necessario (non esistono, ad esempio, i Graphic Control della VCL di Delphi), sicuramente c'è un'occupazione maggiore di risorse, oltre ad una "pesantezza" maggiore in presenza di molti controlli, cioè nel panorama che hai descritto.

In conclusione, si tratta di un effetto del tutto normale.

Ciao!