Si purtroppo facendo l'immagine dell'HD ti porti dietro tutto virus compresi.
Se non hai le installazioni dei programmi non hai modo di copiarli.
Quindi o recuperi le installazioni dei programmi che ti servono e salvi solo le varie configurazioni che potrai ripristinare una volta installato di nuovo il programma oppure fai una bella scansione approfondita del sistema e fai l'immagine.
Anche se sarebbe meglio fare l'immagine di un sistema appena formattato in modo che sia pulito.
ciao