Beh, l'errore e' dato da che si trova alla riga 29 della classe Matrice come indicato dall'eccezione.
codice:
for(j=0;i<matrice[i].length;j++){
Nel corpo del for, tu non incrementi mai i quindi non esci mai dal for, mentre j viene incrementata ad ogni iterazione quindi arrivi ad un punto in cui tenti di acccedere ad un elemento di indice maggiore della dimensione dell'array e di conseguenza sollevi un'eccezione.
Intanto correggi quello e guarda poi se ti va il resto.
P.s. Non ho letto il resto del codice.