quel problema l'ho risolto ma adesso ne ho un 'altro !
riporto l'esempio che nel post precedente non si vede bene:
esempio:
ho 4 lavori/stringhe:
j1:abcd
j2:bca
j3:cabc
j4:abcd

Matrice risultante:
***j1 j2 j3 j4
j1: -1 2 3 4
j2: 2 -1 2 2
j3: 3 2 -1 3
j4: 4 2 3 -1

quindi per ogni coppia trovo la max lunghezza!!ad esempio tra j1 e j2 la max lunghezza è 2 e inserisco questo valore nella matrice nel rispettivo campo [j1][j2]e proseguofino a riempire la matrice,e infine mi faccio restituire la matrice!!

il codice dal quale esce il risultato è questo:
codice:
public class Matrice {
	public static int[][] mLunghezzaSottostringa(String[]job){
		int[][]matrice;
		int i,j;
		int sottostringa=0;
		
		/*creo una matrice triangolare inferiore in cui 
		 * inserire i valori*/
		matrice = new int [job.length][];
		for(i=0; i<matrice.length;i++) {
			matrice[i] =new int[i+1];
		}
		
			        /*confronto le stringhe due per volta*/
					for(i=0;i<job.length;i++){
		                for(j=i+1;i<job.length;j++){
		                	sottostringa= Lcs.longestCommonSubstring(job[i], job[j]);
					        //System.out.println(sottostringa);
					        /*adesso vorrei inserire nella matrice triangolare 
					         * -1 sulla diagonale e per ogni riga 
					         * i rispettivi valori
					         * scorrendo la matrice inserisco i valori*/
							for(i=0; i<matrice.length;i++){
								for(j=0;j<matrice[i].length;j++){
									   if(i==j){/*se l'indice di righa==indice di colonna*/
										   matrice[i][j]=-1;
									       //System.out.println(matrice[i][j]+"");
									   }
										else{
					                       matrice[i][j]=sottostringa;
								           }
					                       System.out.println(matrice[i][j]+"");
						        }
					         }
				        }
			         }
					return matrice;
	}
}
adesso stampa:
-1
2
-1
2
2
-1
2
2
2
-1

che è diverso da quello che io mi aspetto,infatti i valori che mi vengono sono tutti su una colonna e mi vengono tutti di valore 2 dove dovrebbero esserci altri valori,io dovrei avere nella matrice questi valori,visualizzati come sotto:

1° righa :
-1
2° righa
2 -1
3°riha
3 2 -1
4°righa
4 2 3 -1

potete dirmi anche se il codice della matrice triangolare che ho scritto secondo voi è corretto?
spero qualcuno risponda!!grazie