L'userID e il GroupID dell'utente può variare da distribuzione a distribuzione.
Ad esempio l'userID per Mandrake è 500, per Debian 1000 (se mi ricordo bene).

Quindi in fase di installazione devi dare all'user lo stesso ID in ogni distro.

Avere la home in comune comporta anche che ogni modifica fatta con una distro (ad esempio sfondo) sia recepita anche dalle altre.
Forse è meglio usare una partizione unica per quei files che si vogliono in comune, come le e-mail, alcune impostazioni come i segnalibri del browser, ecc..
In tal caso basta fare links simbolici nella home di ciascuna distro.