così conti le righe.

$numero=0;
while (<> ) {

#potresti fare così contando le parole separate da uno spazio
@mom=split(/ /,$_);
$numero=$numero+$#mom;

If ($numero<500){
s/^([^\s]+) (.+)$/<token forma="$1" lemmaPos="$2"\/>\n/;
print
}
else {
... restante blocco...
print
}
}