Se usi piu' Windows e' meglio usare NTFS con i drivers per Linux gia' citati.
Se usi piu' Linux consiglio di usare filesystem ext3 e i drivers per windows disponibili qui:
http://www.fs-driver.org/

NTFS non supporta i permessi UNIX, gid, uid, ecc. e questo ti dara' fastidio anche in fase di mount.