letteralmente il tuo problema si risolve banalmente così:

Codice PHP:
onmouseover="this.innerHTML='<?php comments_popup_link('Nessun Commento »', '1 Commento »', '% Commenti »'); ?> '"
ma come anche "stiffa" penso abbia intuito, ho paura che la tua funzione non sia un semplice "return $stringa;"