Bha io penso che la migliore delle soluzioni sia usare un programma 3D vero e proprio per creare tutte le animazioni e poi esportarle in formato flash, ora se cerchi in giro ci sono dei plugin che applicati ai vari software di rendering 3D generano file .swf (flash).
Un esempio di plugin
Non penso che ci sia modo di far interagire le OpenGL con l'html.
Spero di esserti stato di aiuto.