non sono uno specialista e quindi il mio parere vale poco, se dovessi scegliere oggi su due piedi, userei win per fare il domain controller ed eventualmente da fileserver, mettererei su linux i servizi che so avere vantaggi dallo stare su linux, penso ad apache e mysql.
per fare la scelta migliore occorrerebbe sapere quali sono i risultatti che vuoi ottenere e che servizi vuoi esporre in rete.