In linea teorica, basterebbe strutturare la tabella con i tag appropriati <thead> e <tbody>
ed attribuire a tbody un'altezza fissa e overflow:auto;.

Peccato che IE assume l'altezza per ogni riga ...

L'unica soluzione che mi viene in mente, è di definire una tabella esterna con la testata ed una tabella interna che contiene il corpo con definizione di altezza fissa e scroll.

Certamente, poi, si creano problemi di larghezza delle colonne che devono essere per forza di cose fisse.