da console su root vai con un apt-get --fix-broken install , salvo non riesca a risovere ti dovrebbe restituire i pacchetti da eliminare per poter restituire il servizio ad apt e synaptic , li elimini manualmente da console con
dpkg --force-all -r nomepacchetto(i)
SimplyMepis 6.5 per quel che è rimasto dei pacchetti da repositri ubuntu è sempre Dapper-base , usare pacchetti per edgy ,fasty o debian ti crea inevitabilmente problemi .