Per l'eccezione, non trova la classe. Possibile causa: hai mappato la servlet come facente parte di un package, ma manca la dichiarazione package all'inizio del codice della servlet (almeno nel codice che hai postato tu).
Per la seconda domanda, il metodo readLine() restituisce la riga letta sotto forma di String. La classe String ha il metodo replaceAll() e replaceFirst() per rimpiazzare delle stringhe(indicabili anche attraverso un espressione regolare) con altre stringhe. Vedi documentazione della classe String.