Sì, basta che copi/tagli la cartella temp e la incolli sull'HD esterno, poi apri eMule - opzioni - cartelle - sotto "file temporanei" dai il path al disco esterno e alla cartella incollata - applica...devi poi chiudere e riaprire eMule e controllare che sia stato fatto tutto correttamente.

Puoi farlo anche con la dir "incoming".