Fondamentalmente il problema è: che tipo di restrizioni applica il server web su cui vuoi caricare il server-java? Normalmente, a meno che tu non sia su un server dedicato di un buon servizio, le uniche porte aperte saranno 21, 80 e forse qualcos'altro e non sarà consentito eseguire istanze di qualsivoglia applicazione (vedi la JVM che sarebbe necessaria per l'applicazione java). Se però volessi usare il tuo computer di casa come server per il server-java allora problemi non ne avresti.