Personalmente non so come funzioni il programma di partizionamento di windows 2000, se sia come quello di windows xp. Dovresti comunque essere in grado di poter eliminare qualsiasi partizione dal disco.
Oppure puoi utilizzare Gparted, lo trovi qui (gparted-livecd-0.3.4-7.iso) . Scarichi l'immagine e la masterizzi su cd, poi fai il boot con quel cd. é semplicissimo da usare e puoi cancellare l'intero contenuto dell'hard disk.
Qui trovi alcune info (in inglese).

Ricorda che devi per forza aver un cd bootable di win2k se vuoi installare il s.o.