non penso sia un virus, è più probabilmente si sia corrotto il filesystem.. è molto facile se si usa FAT32 invece del più robusto NTFS. E' forse il tuo caso?

Esistono svariati programmi di recupero, perloppiù a pagamento..
Prova a leggerti questo:
http://sicurezza.html.it/articoli/le...-cancellati/1/

Di gratuito puoi provare PC inspector file recovery recensito nell'articolo. A pagamento, oltre a Getdataback descritto nell'articolo, ti posso consigliare l'ottimo Ontrack Easy recovery.

In ogni caso, il mio consiglio è di evitare assolutamente di installare qualsiasi software sul tuo sistema. Anzi, evita di usarlo. Quello che dovresti fare è smontare l'hard-disk e montarlo come slave su un altro pc. Sull'HD del pc ospite installerai il programma di recupero e sempre su questo copierai i file eventualmente recuperati. Solo agendo in questo modo hai qualche possibilità.