session_start(); deve stare in ogni pagina al cui interno fai reiferimento a variabili $_SESSION o al session_id o a qualsiasi altra cosa riguardante le sessioni, quindi anche in quella in cui fai il controllo:

if(isset($_SESSION['logged'])) {
header('Location: http://www.miosito.com/link1');
}else{
header('Location: http://www.miosito.com/link2');
}

Per sicurezza e comodita' mettilo all'inizio di tutte le pagine che fanno uso di sessioni...