%WINDIR% se non sbaglio lo usi solo quando esegui un "set" da command prompt

io ti dicevo di metterlo a mano come percorso completo agendo sulle variabili d'ambiente attraverso le proprietà del computer

prova a seguire il percorso che ti ho indicato. troverai altri percorsi impostati e nessuno con %WINDIR%

in pratica, se non sbaglio, %WINDIR% viene sostituito con c:\windows (su xp e 2003, c:\winnt su 2000 e precedenti) quando esegui un set path=%path%;%windir%\tizio\caio\sempronio\ dal prompt