il problema è proprio la connessione al db..

come ho detto prima ho messo dei timer prima e dopo la funzione mysql_connect e mi dice che tra un tempo e l'altro passano diversi secondi (mentre i tempi delle singole query spesso sono di pochi millisecondi)

tramite phpmyadmin, visualizzando i processi in esecuzione, ci sono spesso tante richieste di connessione al db che restano in coda

i due server sono collegati direttamente tramite un cavo di rete su una seconda scheda di rete..

il numero di connessioni simultanee è sempre dentro i limiti (il massimo è stato 150, il limite è 200), ogni connessione/pagina esegue una decina di query

la ram per entrambi i server è abbondantemente sotto i limiti,
il carico del processore del server mysql è praticamente zero (viene usato solamente come server mysql e ha un unico database, della dimensione di circa 200mb )


e soprattutto fino ad qualche settimana fa questo problema non era cosi evidente, nel frattempo ho lavorato molto sull'ottimizzazione delle query, riducendo molto il numero di query chiamata e la pesantezza di tali query ed i tempi di tali operazioni
(le visite al sito piu o meno sono rimaste costanti se non peggiorate a causa di questi problemi)