beh, considera che:
- la frammentazione dei dischi aumenta a causa dell'utilizzo e questo comporta dei rallentamenti in mysql
- la struttura delle tabelle del database possono essere il motivo, soprattutto se gli indici son messi male o non ci sono proprio
- la velocità della rete quant'è? 10, 100 o un 1gbit?

Comunque prova a lanciare una query DIRETTAMENTE sulla macchina dove sta mysql per capire se è un problema o meno di comunicazione

Inoltre che sistema operativo monta la macchina col database?