[htaccess] Cartelle e permessi

[aeronauta75]

Ciao a tutti.

Ho appena attivato un nuovo dominio ed invece delle classiche cartelle alle quali ero abituato (mdb-database, public) ora la root contiene questo:

- cgi-bin (cartella)
- .~def~.php
- .htaccess

Contenuto di .~def~.php

<?
   // inclusione di un file chiamato default.php
    include('/chroot/hosting/ftpSkelDir/tmp_default.php');
?>

Contenuto di .htaccess

AddDefaultCharset ISO-8859-1 
Options +FollowSymLinks
RewriteEngine On 

Ora la questione è:
1. Come faccio a creare la cartella mdb-database ove mettere i file accessibili solo dagli script php (contenenti user e pw di connessione a mysql)?
2. Come faccio a creare la cartella public per permettere gli upload degli utenti?
3. htaccess ha qualche ruolo in questo? Se si, linkatemi qualche articolo esaustivo, per favore, di modo che possa studiarmelo.

Grazie.