per quanto gliene viene al server, uno script php (come qualsiasi altro tipo di script) potrebbe avere qualsiasi estensione... sarà la configurazione del server a dirgli come trattare i file .php3, .xyz etc etc. Se il tuo server mappa i file php3 e li tratta alla stessa maniera dei file .php allora non devi fare proprio niente, altrimenti dovresti rinominare tutti i file in .php e fare un bel search/replace all'interno dei sorgenti da php3 a php.