Prima di tutto, calma e gesso... 2 up in qualche ora mi pare davvero eccessivo. Poi, bisogna leggere il manuale e fare un po' d'attenzione a come funziona FPDF. Terzo si leggono gli esempi (ce n'è uno che stampa una tabella).

Tornando al punto 2, se sei andato a capo il "cursore" si troverà una o più righe sotto... quando vai a creare una nuova cella chiaramente ti si crea al di sotto della precedente.

Quindi, quel che devi fare è, invece di ripetere il SetFont un milione di volte (non serve), prendere la posizione Y (GetY) PRIMA di creare la cella n e poi muoverti con SetY alla posizione verticale precedente prima di creare la cella n+1