Visto che di upload se n'è parlato milioni di volte, l'unico suggerimento che mi sento di darti è: se stai utilizzando un database per gestire gli utenti (spero di sì), approfittane e salva in database anche gli indirizzi delle cartelle target. Puoi così facilmente implementare anche un sistema di autorizzazioni (certi utenti non potranno ad esempio uploadare in certe cartelle...) con una tabella autorizzazioni che metta in relazione l'id della cartella con l'id dell'utente.

Praticamente se cerchi sul forum c'è già tutto fatto.