Grazie Andrea, ho fatto come dici tu:

Codice PHP:
while($row=mysql_fetch_array($ris_query)){

$pdf->SetFont('Arial','',10);
$pdf->Cell(158$row[id_protocolli], 10,'C');
$pdf->Cell(208$row[tipo_mezzo], 10'C');
$pdf->Cell(158$row[pagine], 10'C');
$pdf->Cell(258$row[data_ins_prot], 10'C');
$pdf->Cell(388$row[nome_mit_des], 10'C');
$pdf->MultiCell(508$row[oggetto_protocollo], 1'L');
$pdf->SetXY(170,28);
$pdf->Cell(408$row[nome_categ], 10'C');
$pdf->MultiCell(608$row[nome_sottocateg], 1,'L');
$pdf->SetXY(270,28);
$pdf->Cell(208$row[collegamento_protocollo], 10'C');
$pdf->Ln(10);


ma purtroppo il SETXY funziona solo sulla prima riga, quando c'è un ciclo dalla seconda riga in poi risballa tutto