Come prima idea mi vien da pensare ad un ciclo che preso il campo di ogni riga (una per una), cancelli tutte quelle che hanno valori simili

Esempio:
Codice PHP:
foreach ($righe AS $riga) {
    mysql_query("DELETE FROM tabella WHERE campo LIKE '%$riga%'");
} 
Però, a parte essere un ciclo pesantino (specialmente quando trova le ricorrenze da cancellare), vi è la possibilità che ti cancella anche fin troppo, nel senso che quel LIKE è un pò generico quindi dovresti adattare la query (del resto così te ne cancella tutte, ma vedi te, è solo un input)