ti ha in pratica risposto a tutto vincent ( come sempre ) mi permetto di riassumere
sia per i css (leggasi link a file esterno) http://css.html.it/guide/lezione/16/...-un-documento/
idem per le cartelle valuta la necessita' ( io personalmente -come anche su pc- faccio percorsi sin troppo profondi suddivedendo e suddividendo..... )
per la struttura base come gia detto o fai n-files con il codice della struttura base (footer/header/navigazione) e cambi solo il contenuto in base alla pagina,
se un domani vuoi cambiare rifai tutto
l'alternativa e' : leggere la guida che ti ha indicato vincent dove ti spiega (detto terra terra) come fare per realizzare una sorta di codice base esempio x template e porzioni di pagina comuni da inserire nei vari documenti,
cosi che nel momento che vuoi cambiare quella struttura modifiche il file chiamiamolo "master" e nn tutti i file del sito

capito mi ho?